粉末滅菌是使藥物溶液通過無菌的特定濾器，除往活的或死的微生物而得到不含微生物的濾液。適于很不耐熱的藥液的滅菌。供來菌用的濾器。要球能有效地從溶液中除凈微生物，溶液順暢地由濾器通過，濾液中不落進任何所不需要的物質，濾器輕易清洗，操縱簡便。
繁殖型細菌很少有小于1μm者，芽胞大小為0.5μm或更小些，所以，對于以過篩作用濾過的濾器，例如纖維素酯膜濾器。其孔徑大秘須小到足以阻止細胞和芽進進濾孔之內，大約為0.2μm。靠阻留于孔道之內或靜電作用的濾器，孔徑可稍大于所要濾除的顆粒，但如壓力過大或波動，顆粒有被擠過的可能。濾孔徑要進行檢查，常用測定孔徑的方法，是用大小為0.7μm左右的靈菌（Bprodigiosus）混懸液濾過，濾液通過培養試驗，觀察有無靈菌濾過。
近年來廣泛采用微孔薄膜作固體飲料粉末滅菌，膜濾器的性能詳見注射劑一章濾器的種類與選擇項下，作滅菌過濾一般選用孔徑0.22μm的濾膜。G6號垂熔玻璃漏斗，其濾孔直徑在2μm以下，可以除往細菌，對藥物不吸附，也不影響藥液的pH，常固體飲料滅菌濾器。此外孔徑0.8-1.8μm的石棉板濾器孔徑1.5-1.7μm的白陶土濾柱，也可作濾過細菌用，但由于它們存在一些缺點，所以實際使用未幾。
輻射滅菌法 輻射滅菌是應用γ射線殺菌的方法。γ射線通常可由放射性同位素如Co60產生。輻射滅菌的特點是可不升高的產品的溫度，特點用于某些不耐熱的滅菌，穿透性強，γ射線適用于較厚樣品的滅菌，現已成功地應用于某些物質如維生素類、抗菌素、激素、肝素、羊腸線、醫療器械等物質的滅菌。包裝的產品也可滅菌而大大減少了污染的機會。滅菌劑量一般用2.5兆拉得（Megarad），此法，已為《英國藥典》（1969）日本藥典Ⅸ所收載。
固體飲料滅菌設備用度高，某些藥品經輻射滅菌后，有可能效力降低，產生毒性物質或發熱性物質，且溶液不如固體穩定，同時要留意全防護。